Il primo documento che attesta l'esistenza di Sonnino è una bolla pontificia dell'anno 999. Alcuni storici fanno risalire le origini del paese alla fine del secolo VIII ad opera dei cittadini di Priverno, fuggiti dal loro paese in seguito alle invasioni dei Saraceni, che devastarono gran parte del Lazio meridionale, cioè le antiche province di Marittima e Campagna, la stessa origine generalmente ipotizzata per i vicini paesi di Roccagorga, Roccasecca e Maenza, tutti paesi situati in posizioni montane meglio difendibili rispetto a quella della romana Privernum, situata nella pianura dell'Amaseno. Altri storici tuttavia fanno risalire le origini di Sonnino ad una matrice romana e pre-romana, dato che l'intera zona comunale, anticamente abitata da Volsci, fu successivamente romanizzata ed intensamente abitata, come testimoniano numerosissimi ritrovamenti, suggerendo una continuità anche nel corso del primo medioevo.

A suggerire questa ipotesi romano-volsca, anche alcuni toponimi italici, tra i quali ha destato particolare interesse quello della antica via "Volosca" (o Velosca), la più antica e principale via di accesso al paese (sebbene oggi di importanza del tutto secondaria), che potrebbe ricondursi direttamente ad un intervento ad opera dei Volsci (col significato quindi di "Strada fatta dai Volsci"), oppure potrebbe indicare l'esistenza di un altro centro volsco scomparso, situato alle pendici pontine dei monti Ausoni, ugualmente abbandonato nel primo medioevo ma ben distinto da Privernum, e probabilmente chiamato con un etnonimo volsco. In questo senso la "Civitas Volosca", o città Volsca, indicherebbe l'abitato antico in pianura, mentre il "Vicus Somninum", o villaggio sulla sommità, il nuovo centro di montagna.

In ogni caso è accettato che i primi abitanti di Sonnino possano aver avuto origini (urbane, e forse etniche) variegate tra le quali si ipotizzano anche contributi greci e bizantini, e vi è generale accordo sul fatto che l'origine dell'abitato moderno sia da riferire al processo di incastellamento avutosi nell'Alto Medioevo, in un luogo che inizialmente poteva essere stato solamente prescelto perché poco accessibile e invisibile da quasi tutte le direzioni, dove riparavano uomini e bestiame per meglio difendersi in caso di assalti. Il rifugio, questa infatti era la sua principale funzione, rivelatosi una salvezza per tanta gente e dalle scorrerie e dal clima insalubre della palude pontina, si sarebbe progressivamente ampliato e costituito in castello.

Di origine medievale è l'imponente castello con la grande torre cilindrica adagiato sul Colle Sant'Angelo, costruito verso il secolo IX dalla famiglia De Sompnino che prese il nome dal castello e furono i primi signori di Sonnino. L'11 ottobre 1369 metà del castello venne acquistata per 2000 fiorini da Onorato I Caetani, che ne divenne anche signore. Successivamente il castello fu abitato fino al 1496 dai Caetani d'Aragona, sotto il papato di Alessandro VI divenne possesso di Rodrigo Borgia e alla morte del papa (1503), il feudo passò alla famiglia Colonna, che ne mantennero il dominio quasi ininterrottamente sino al 1816, anno della loro rinuncia ai diritti feudali sul territorio.

Con bolla del 13 gennaio 1596, Papa Clemente VIII erige a principato la terra di Sonnino[6]. Altri signori che vi abitarono per brevi periodi furono i Borgia e i Carafa. Gli ultimi proprietari sono stati gli Antonelli e i Talani che ora lo hanno chiuso. L'antico statuto comunale, risalente al XIII secolo, è conservato nell'archivio di Stato di Roma. Durante la breve Repubblica Romana (1798-1799) fece parte del Dipartimento del Circeo, distretto di Sezze, cantone di Piperno sotto la guida degli Edili aggiunti Giuseppe Mancini e Musilli, come definito il 26 fiorile anno VI.[7] Dal 1810 al 1815, passò al dipartimento di Roma, circondario di Tivoli, cantone di Piperno.

Con la Restaurazione e la riforma del 1816 Sonnino tornò luogo baronale appartenente ai Colonna, ma già nel 1817 divenne podesteria nell'ambito della delegazione di Frosinone, governo distrettuale di Terracina. Nel riparto territoriale del 1827 Sonnino compare come podesteria dipendente da Piperno, mentre in quello del 1831 risulta comunità soggetta ad un commissario straordinario nell'ambito del distretto di Pontecorvo.[8] Rimase fino al 1870 nello Stato Pontificio all'interno della provincia di Campagna e Marittima, al confine col Regno delle due Sicilie. Dopo l'annessione al Regno d'Italia, il Comune entrò a far parte della provincia di Roma per passare poi, nel 1934, alla neoistituita provincia di Latina.

Onorificenze
Medaglia di bronzo al Merito Civile
«Comune situato ai confini della linea "Gustav", occupato dalle truppe tedesche, fu fatto oggetto di continui bombardamenti da parte degli alleati, che causarono la morte di numerosi cittadini, nonché danni al patrimonio abitativo. La popolazione seppe resistere con dignità e coraggio alle più dure sofferenze della guerra. Nobile esempio di spirito di sacrificio ed amor patrio. 1943-1944 Sonnino (LT)» - 4 novembre 2011